阴茎短小一般不会直接影响生育能力，但若伴随其他疾病可能会间接产生影响。生育能力主要与精子质量、数量及性功能正常与否有关，阴茎大小并非决定性因素。
阴茎短小属于外生殖器形态问题，只要能够完成正常性生活并将精液排入女性生殖道，通常不会导致不育。男性生育力的核心指标是精液参数，包括精子浓度、活动力和形态，这些由睾丸功能及内分泌系统决定。部分阴茎短小患者可能合并隐睾、克氏综合征等先天性疾病，此类情况可能伴随生精功能障碍，需通过精液分析评估生育力。
若阴茎短小合并勃起功能障碍或射精障碍，可能因无法正常完成性生活而影响自然受孕。此外，严重激素异常如低促性腺激素性性腺功能减退症，既会导致阴茎发育不良，也可能引起无精症。这类患者需要内分泌治疗改善精子生成能力。
建议存在生育困扰的男性及时到生殖医学科就诊，完善精液常规、性激素检测和生殖系统超声检查。对于确诊生育力低下者，可通过人工授精或试管婴儿技术辅助生殖。保持健康的生活方式，避免吸烟酗酒，也有助于维护生殖健康。