巴氏腺囊肿是否能够自愈通常与囊肿的大小以及是否发生感染有关。体积较小且未合并感染的囊肿可能自行吸收，但若存在感染或体积较大时，一般无法自愈且需要治疗。
巴氏腺囊肿的形成与腺体导管阻塞、分泌物积聚等因素相关。当囊肿体积较小且未继发细菌感染时，部分患者可能无明显症状，随着腺体导管重新通畅，分泌物可逐渐排出，囊肿可能自行消退。若囊肿体积较大或合并感染时，局部可能出现红肿、疼痛甚至化脓，此时腺体导管无法自行恢复通畅，分泌物持续积聚并可能形成脓肿，通常无法自愈。
日常生活中需注意保持外阴清洁，避免穿过紧的衣物或频繁摩擦局部。若囊肿体积逐渐增大或出现红肿、疼痛、发热等症状，需及时就医处理，避免自行挤压或挑破囊肿，以免引发感染扩散。
巴氏腺囊肿的治疗方式包括药物治疗、手术造口等，具体需由医生根据病情评估后决定。建议定期进行妇科检查，发现异常尽早就诊。