百日咳的传染期通常为发病后的3周左右，但具体时间与是否接受规范治疗有关。未治疗者传染期可长达21天以上，而及时使用抗生素治疗可将传染期缩短至5天左右。该病在卡他期和痉咳期传染性最强。
百日咳的传染性随病程阶段变化。在卡他期（发病初期1-2周），患者已具有强传染性，此时症状类似普通感冒，但可通过飞沫传播病菌。进入痉咳期（发病后2-6周），剧烈的阵发性咳嗽会产生大量含菌飞沫，此阶段仍是主要传播期。恢复期（发病6周后）传染性逐渐减弱，但仍有传播风险。
及时规范的抗生素治疗能有效控制传染期。临床常用阿奇霉素、红霉素或复方磺胺甲噁唑等药物，这些药物可杀灭呼吸道分泌物中的百日咳杆菌。患者在完成5天抗生素疗程且临床症状缓解后，通常可解除隔离。未治疗者需隔离至痉咳发作后21天。
确诊百日咳后应严格居家隔离，佩戴口罩并避免接触婴幼儿等易感人群。接触者需预防性使用抗生素并观察21天。若出现阵发性咳嗽伴鸡鸣样回声等典型症状，应及时前往感染科就诊，通过核酸检测明确诊断。疫苗接种是预防百日咳最有效的手段。