补肾固齿丸在医生指导下正确服用通常较为安全，但部分患者可能出现不良反应。该药物属于中成药，其副作用发生概率和程度因人而异，与用药剂量、体质差异等因素相关。
服用补肾固齿丸可能出现胃肠道不适，如恶心、胃胀或腹泻等症状，这与药物成分对消化道的刺激有关。部分体质敏感者可能产生皮疹、皮肤瘙痒等过敏反应，尤其在首次用药后需密切观察。长期大剂量服用可能影响肝肾功能，表现为尿液颜色改变或身体浮肿等现象，但此类情况在规范用药时较为少见。
用药期间若出现异常症状应立即停药，并及时向中医师反馈。需严格按照说明书剂量服用，避免与同类补肾药物叠加使用。慢性疾病患者、孕妇及肝肾功能不全者用药前需经专业评估。药物应储存在阴凉干燥处，避免有效成分受潮变质。