褪黑素长期服用可能存在一定的副作用，但具体情况因人而异。通常建议短期、小剂量使用，并在医生指导下合理用药，以减少不良反应的发生。
褪黑素作为一种调节睡眠的激素补充剂，长期过量服用可能干扰人体自身褪黑素的分泌节律，导致内分泌系统紊乱。部分人群可能出现日间嗜睡、头晕、头痛等神经系统症状，少数患者会有恶心、胃部不适等消化系统反应。对于本身存在自身免疫性疾病或抑郁症的患者，长期使用可能影响病情控制。此外，长期依赖外源性褪黑素可能产生药物耐受性，导致助眠效果逐渐减弱。
建议存在睡眠障碍的人群优先通过调整作息、改善睡眠环境等非药物方式干预。若确需使用褪黑素，连续服用不宜超过3个月，每日剂量控制在0.1-0.3mg范围内。用药期间如出现异常症状应及时停药并咨询专科医生，避免与其他中枢神经抑制剂同时使用。