褪黑素对性功能的影响较小，通常不会产生明显抑制作用，但长期或过量使用可能会影响性激素水平。该药物主要用于调节睡眠节律，其作用机制与性功能相关性较低，但需注意个体差异。
褪黑素作为松果体分泌的激素，主要参与昼夜节律调节。短期合理剂量使用时，褪黑素通过激活MT1和MT2受体改善睡眠质量，这种作用机制与下丘脑-垂体-性腺轴没有直接关联。临床研究表明，常规剂量3-5mg短期使用对健康人群的睾酮、雌激素等性激素水平无显著影响。
长期大剂量使用可能导致促性腺激素释放激素分泌减少。动物实验显示，持续高剂量褪黑素会抑制下丘脑GnRH神经元活性，从而影响促黄体生成素和促卵泡刺激素的分泌。这种抑制作用具有剂量依赖性和时间累积效应，可能影响生殖功能。但人类临床数据尚不充分，相关影响存在个体差异。
存在基础性激素水平偏低或生殖系统疾病者应谨慎使用。垂体功能减退、围绝经期综合征等患者使用褪黑素前需评估内分泌状态，若出现性欲减退、月经紊乱等症状应及时停药并咨询专科医生。
使用褪黑素期间建议定期检测性激素水平，特别是长期使用者。保持良好的睡眠卫生习惯，避免依赖外源性褪黑素改善睡眠。如存在持续性功能障碍应及时到内分泌科或男科/妇科就诊，排除其他潜在疾病因素。