头孢克肟通常不作为治疗牙周炎的首选药物，具体是否使用需根据细菌类型及病情严重程度评估。牙周炎的治疗以机械清创术为主，抗生素多作为辅助手段，需在医生指导下选择。
头孢克肟属于第三代头孢菌素，主要针对革兰氏阴性杆菌，但对牙周炎常见的厌氧菌如牙龈卟啉单胞菌覆盖效果较弱。牙周炎病原体多为混合感染，常规治疗会优先选择甲硝唑、阿莫西林等针对厌氧菌和革兰阳性菌的药物。若细菌培养显示存在对头孢克肟敏感的特定致病菌，或患者存在青霉素过敏等情况时，才可能考虑使用该药物。
目前临床治疗牙周炎更常采用龈下刮治、根面平整等物理方法清除牙菌斑，同时配合盐酸米诺环素软膏、氯己定含漱液等局部给药。若需全身用药，多选用奥硝唑片、阿莫西林克拉维酸钾片或盐酸多西环素胶囊等针对性更强的抗生素。出现牙龈肿痛、牙齿松动等症状时，建议及时到口腔科进行专业诊疗，避免自行使用抗生素导致耐药性或延误病情。