水蜜桃罐头的营养价值在加工和储存过程中可能存在部分流失。水蜜桃罐头经过高温杀菌、糖水浸泡及长期储存，其营养成分会发生一定变化，但部分核心营养仍能保留。
水蜜桃在高温灭菌过程中，维生素C等热敏性营养素易被破坏，损失率可达30%-50%。而矿物质如钾、钙等元素性质稳定，基本能完整保存。膳食纤维作为细胞壁主要成分，在加工过程中结构可能受损，但总量不会明显减少。糖水浸泡会使果肉中的天然糖分部分析出，同时添加糖可能使整体含糖量升高20%-30%。
市售水蜜桃罐头每100克约含碳水化合物13-18克，蛋白质0.5克左右，维生素C含量通常低于新鲜桃子的三分之一。建议选择低糖或无添加糖产品，开封后需冷藏并在48小时内食用完毕。日常饮食中可将罐头食品作为风味调剂，但新鲜水果仍是更好的营养来源。