手足口病和疱疹性咽峡炎均可由肠道病毒感染引起，但两者在致病病原体、疱疹分布位置以及伴随症状等方面存在差异。通常可从以下三方面进行区分：
1、致病病原体不同
手足口病主要由柯萨奇病毒A16型、肠道病毒71型引起，而疱疹性咽峡炎以柯萨奇病毒A组1-6型、8型、10型及22型感染为主。尽管部分病原体存在交叉，但两种疾病的主要致病病毒类型有明显区别。
2、疱疹分布位置不同
手足口病的疱疹或皮疹常出现在口腔黏膜、手部、足底、臀部及四肢皮肤；疱疹性咽峡炎的疱疹则局限于咽峡部，如软腭、悬雍垂、扁桃体等区域，其他部位皮肤通常无异常表现。
3、伴随症状不同
手足口病患儿除发热外，可能伴随咳嗽、流涕、食欲下降等症状，重症病例可能出现脑炎、肺水肿等并发症。疱疹性咽峡炎则以突发高热、咽痛、吞咽困难为主要表现，并发症相对少见，但部分患儿可能因高热引发惊厥。
若患儿出现口腔疱疹、发热等症状，建议及时就医明确诊断。日常需注意隔离防护，避免交叉感染，同时做好手卫生及环境消毒，降低疾病传播风险。