手足口病痊愈后通常不会遗留后遗症，但少数重症患者可能出现神经系统或心肺功能异常。大部分手足口病患儿症状较轻，预后良好，仅有极少数因特定病毒感染或并发症导致长期影响。
手足口病主要由柯萨奇病毒A16型或肠道病毒71型感染引起，多数患儿表现为手、足、口腔等部位的皮疹和发热。普通型病例在7-10天病程结束后，皮肤黏膜损伤可完全修复，不会影响运动功能或智力发育。重症病例若累及中枢神经系统，可能出现急性弛缓性麻痹、神经源性肺水肿等并发症，这类患者可能出现肢体活动障碍或心肺功能异常。
接种EV71疫苗能有效预防重症手足口病。家长发现患儿出现持续高热、肢体抖动或呼吸急促等症状时，应及时到儿科就诊。日常需做好手卫生，患病期间避免接触其他儿童，餐具玩具应定期消毒以阻断病毒传播。