手足口病高发季通常不会直接导致病程延长，但部分患者可能因病毒类型、免疫力差异或并发症等因素出现病程波动。该病本身具有自限性，多数患者病程在7-10天左右。
手足口病的病程主要与感染病毒类型相关，例如EV71型肠道病毒可能引发重症并延长恢复时间，而柯萨奇病毒A16型感染通常症状较轻且病程较短。患者自身免疫力低下时，可能出现持续发热、口腔溃疡愈合缓慢等情况，进而影响病程。若发展为脑膜炎、心肌炎等并发症，则需更长时间的治疗和康复。
在手足口病流行期间，家长需注意保持儿童手部卫生，避免接触患病者。若患儿出现高热不退、肢体抖动或呼吸急促等症状，应及时就医评估病情，由医生根据具体情况进行抗病毒或对症治疗。