手足口病病毒携带期通常为发病后1-2周，但具体时间因人而异。部分患者的排毒期可能持续更久，尤其是肠道病毒通过粪便排毒的时间可达数周。
手足口病由肠道病毒感染引起，患者在潜伏期、发病期及恢复期均可能携带病毒。潜伏期一般为3-7天，此时虽无症状但已具备传染性。发病后1周内病毒通过呼吸道分泌物和疱疹液大量排出，传染性最强。粪便中的病毒排出时间最长，可持续2-4周，个别婴幼儿可能达8周以上。
病毒携带时间受病毒类型、个体免疫状态等因素影响。柯萨奇病毒A16型排毒时间通常较EV71型短。免疫功能正常者多在症状消失后1周停止排毒，但免疫缺陷者可能长期携带病毒。
患者及家属应注意隔离至体温正常、疱疹结痂后1周。日常需做好手卫生，对患儿粪便进行消毒处理。若家庭成员出现发热或疱疹症状，建议及时就医评估。