肛周脓肿的复发率相对较高，部分患者的复发风险可达10%~30%。其复发率主要与治疗方式、术后护理以及患者自身状况等因素有关。
肛周脓肿的复发通常与感染病灶未彻底清除有关。若首次治疗仅进行单纯切开引流而未处理内口，可能导致脓肿反复形成。此外术后护理不当如清洁不到位、过度活动等也可能影响愈合。患者自身免疫力低下、长期便秘或腹泻、糖尿病等基础疾病也会增加复发概率。若未及时处理肛窦炎、肛裂等原发疾病，也可能成为复发的诱因。
为降低复发风险，建议在急性期及时进行根治性手术治疗。术后需遵医嘱规范换药，保持肛周清洁干燥。日常应注意饮食调理，保持大便通畅，避免久坐久站。合并糖尿病等基础疾病者应积极控制血糖。若出现肛门肿痛、分泌物增多等异常症状，应及时到肛肠科就诊复查。