肛瘘不治疗通常不会直接恶化成癌。肛瘘是肛周脓肿破溃后形成的慢性感染性管道，绝大多数情况下属于良性疾病，但长期不治疗可能引发其他并发症。
肛瘘长期存在时，局部炎症反复刺激可能导致瘘管组织异常增生，但癌变概率极低。现有临床数据显示，肛瘘癌变多与克罗恩病相关，且需要十年以上的病程积累。普通肛瘘患者如未合并免疫性疾病或肠道慢性炎症，癌变风险通常低于万分之一。部分患者可能出现局部皮肤反复破溃、瘢痕挛缩等问题，严重时可引发肛门括约肌损伤或继发肛周坏死性筋膜炎。
建议确诊肛瘘后尽早到肛肠外科就诊，通过瘘管切开术、挂线疗法等手术方式根治。日常需保持肛周清洁干燥，避免久坐和过度用力排便。若伴随长期腹泻、腹痛、便血等症状，应及时排查克罗恩病等基础疾病。