断掌矫正手术的风险程度通常与患者病情复杂程度、手术方式及个体差异等因素有关，不能一概而论。对于大部分先天性掌部畸形或简单创伤后畸形患者，手术风险相对可控；但对于复杂畸形或合并基础疾病者，风险可能增加。
手术风险主要受畸形类型影响。先天性并指畸形矫正术因操作区域局限，主要风险为术后瘢痕挛缩或指蹼粘连，发生率约5%-10%。复杂创伤后畸形伴随神经血管损伤者，术中神经误伤风险可达15%-20%，特别是存在组织粘连时。患者自身状况也影响风险系数，糖尿病患者术后感染风险较常人高3-5倍，凝血功能异常者血肿发生率达8%-12%。
手术团队的经验水平直接影响预后。数据显示，在具备显微外科技术的三级医院，血管吻合成功率可达95%以上，而基层医院可能不足80%。建议术前完善三维CT重建和神经电生理检测，术后严格进行康复训练。目前主流术式如分指植皮术的并发症发生率已降至7%以内，但完全恢复正常功能仍存在个体差异。