大蒜发芽后通常可以食用，但若出现霉变或腐烂则不可食用。发芽过程中大蒜本身不会产生毒性物质，但需注意其是否变质。
大蒜发芽属于正常的生理现象，蒜瓣中的营养物质会逐渐转移到芽体中，导致蒜瓣干瘪，但不会生成对人体有害的成分。发芽后的蒜苗含有一定膳食纤维和维生素，可正常食用，但口感较辛辣的大蒜会变得相对温和。若大蒜表面出现黑斑、绿色霉菌或散发异味，则可能已霉变，黄曲霉毒素等有害物质可能滋生，此时需丢弃不可食用。
日常建议将大蒜存放于阴凉、干燥且通风的环境中，避免潮湿。若发现大蒜已发芽但未变质，可尽快食用或将其种植为蒜苗。若储存期间出现异常颜色或质地，应及时处理避免误食。