小儿皮肤黏膜淋巴结综合征的复发概率一般较低，约为1%~3%。多数患儿在规范治疗后不会复发，但存在个体差异，与初次发病时的治疗效果及自身免疫状态有关。
小儿皮肤黏膜淋巴结综合征复发多见于初次治疗不彻底或对静脉注射用人免疫球蛋白反应不佳的患儿。复发时间通常在初次发病后的数月至两年内，症状可能较初次发作轻微，但仍需警惕心血管并发症。部分患儿因遗传因素或免疫系统异常，可能较普通人群更易出现反复发作。此外，未遵医嘱进行长期随访和药物管理也可能增加复发风险。
小儿皮肤黏膜淋巴结综合征患儿即使康复，也应定期进行心脏超声等检查，监测冠状动脉病变情况。若再次出现持续发热、皮疹等症状，需立即就医并告知既往病史。家长需严格遵循医嘱进行药物管理及生活护理，降低复发概率。