肠套叠是否会引起长期并发症通常与治疗时机有关。大多数患儿经及时治疗不会遗留长期问题，但若延误诊治导致肠管缺血坏死，则可能出现远期并发症。具体可分为以下两种情况：
若肠套叠在发病早期通过空气灌肠等非手术方式成功复位，肠道血供未受明显影响，一般不会造成长期损害。患儿术后需短期观察，多数可完全恢复肠道功能，不影响生长发育。部分患儿可能因淋巴回流暂时受阻出现肠壁水肿，但通常在一周内自行消退。
若肠套叠超过48小时未及时处理，套入肠管可能因缺血发生坏死、穿孔。此时需切除坏死肠段，术后可能出现短肠综合征，表现为营养吸收障碍、慢性腹泻等。切除回盲部可能影响维生素B12吸收，需长期补充。此外，腹腔粘连可能导致慢性腹痛或反复肠梗阻，发生率为3%-5%。
为预防并发症，家长发现患儿阵发性哭闹、果酱样大便时应立即就医。确诊后首选空气灌肠复位，成功率约80%-90%。术后需遵医嘱逐步恢复饮食，避免过早摄入高纤维食物。术后1个月内定期复查腹部超声，观察肠道恢复情况。出现持续腹痛、呕吐等症状应及时返院检查。