肠套叠患儿大多数情况下可以完全康复，具体与病情严重程度及是否及时治疗有关。多数患儿通过及时干预能够恢复正常肠道功能，不会遗留后遗症。
肠套叠是婴幼儿常见的急腹症，若在发病24小时内就诊，通过空气灌肠或钡剂灌肠复位成功率可达90%以上，肠道组织未发生坏死时，术后通常不会影响消化吸收功能。对于发病时间较长出现肠管坏死的病例，手术切除病变肠段后，剩余健康肠管会逐渐代偿，多数患儿术后1-3个月即可恢复正常的生长发育。
需特别注意的是，约5%-10%的患儿可能出现复发，尤其是发病年龄小于2岁、伴有肠道解剖异常者。但复发后再次进行规范治疗仍可获得良好预后。家长应密切观察患儿术后情况，若再次出现阵发性哭闹、血便等症状需立即就医。只要遵循医嘱进行规范治疗和定期复查，绝大多数患儿都能获得理想的康复效果。