肠道菌群失衡一般是指肠道菌群失调症，肠道菌群失调症可能通过改变代谢产物、增加腐败物质生成等途径影响粪便气味。正常情况下，肠道菌群参与食物消化并产生无臭或低臭的短链脂肪酸，而失衡后有害菌增多，可能释放具有强烈气味的化合物。
肠道菌群失调症时，产硫化氢的细菌可能过度增殖，这类细菌分解含硫氨基酸（如蛋氨酸、半胱氨酸）时会产生硫化氢，其特有的臭鸡蛋气味会直接导致粪便气味加重。此外，部分致病菌如梭状芽孢杆菌可分解蛋白质生成吲哚、粪臭素等芳香族化合物，这些物质浓度升高时会使粪便散发腐臭味。
未被充分消化的营养物质进入结肠后，异常发酵产生的挥发性脂肪酸比例改变。当双歧杆菌等有益菌减少时，对膳食纤维的发酵能力下降，而蛋白质腐败菌的活动增强，导致支链脂肪酸（异丁酸、异戊酸）等具有刺鼻气味的代谢产物增加。动物实验显示，菌群失衡动物粪便中戊酸浓度可升高2-3倍。
肠道炎症反应伴随菌群失衡时，炎症因子刺激肠黏膜分泌黏液增多。黏液中的黏蛋白富含糖蛋白，成为致病菌的营养来源。临床观察发现，炎症性肠病患者粪便中硫化氢浓度可达健康人群的5倍以上，同时伴有明显的粪便恶臭现象。
建议日常通过增加膳食纤维摄入、补充益生菌制剂等方式维持菌群平衡。若粪便气味持续异常并伴有腹泻、腹痛等症状，应及时进行粪便菌群检测或肠镜检查，在医生指导下使用益生菌、抗生素等药物干预治疗。