菖蒲一般可能会导致过敏反应，但具体是否发生与个人体质有关。部分人群接触或摄入菖蒲后可能引发免疫系统异常反应，出现皮肤或呼吸道症状。
菖蒲含有挥发油、黄酮类化合物等成分，这些物质可能成为过敏原。当过敏体质者接触菖蒲时，免疫系统可能误判这些成分具有威胁，从而释放组胺等炎性介质，导致毛细血管扩张和腺体分泌增加。典型过敏症状包括皮肤红斑、瘙痒、鼻塞、流涕等，严重时可能出现呼吸困难或过敏性休克。
建议过敏体质人群避免直接接触菖蒲植株，在中医用药时需提前告知医生过敏史。若使用含菖蒲成分的制剂后出现不适，应立即停止使用并用清水冲洗接触部位。日常储存含菖蒲的药材时应注意密封保存，减少挥发性物质扩散。