藏红花在常规剂量下一般不会对肝肾功能造成负担，但长期或过量使用可能产生潜在风险。其安全性主要与使用剂量、个体差异以及是否遵医嘱有关。
藏红花作为传统中药材，在适量使用的情况下，其有效成分主要通过正常代谢途径排出，不会明显增加肝肾负担。但对于存在慢性肝肾疾病的人群，即使常规剂量也可能因代谢能力下降导致蓄积风险。动物实验显示，超过临床推荐量50倍以上的藏红花提取物可能引起实验鼠肝细胞空泡样变，提示极高剂量存在肝损伤可能性。
目前尚未有明确证据表明藏红花具有直接肾毒性。但需注意市售部分藏红花制品可能含有重金属污染或非法添加成分，这些杂质可能对肝肾造成间接损害。建议选择正规渠道购买经过质量检测的产品，并避免与抗凝药物、镇静剂等具有肝肾毒性的药物联用。
使用藏红花前建议进行肝肾功能基线评估，特别是慢性病患者。用药期间如出现乏力、尿色加深、食欲减退等疑似肝肾损伤症状，应立即停药并就医检查肝功能指标。日常储存应注意防潮避光，避免成分变质产生毒性物质。