扁桃体结石是否能用棉签清理需根据具体情况判断。如果结石位置表浅且操作轻柔，可能可以尝试清理；但如果结石较深或操作不当，可能引发感染、出血等问题。
扁桃体结石通常附着在扁桃体隐窝处，若结石体积较小且靠近表面，可使用消毒棉签轻轻拨动将其取出。操作时需注意动作轻柔，避免用力挤压或刮擦，否则可能损伤黏膜导致出血。清理后建议用淡盐水漱口以减少细菌残留。
若结石位置较深或体积较大，棉签清理可能无法触及且易造成局部创伤。强行操作可能将结石推入更深部位，甚至诱发扁桃体炎。部分患者清理后可能出现持续性咽痛、吞咽困难等症状，需警惕继发感染的可能。
对于反复发作或位置特殊的扁桃体结石，建议到耳鼻喉科就诊。医生可通过专业器械在直视下安全清除，必要时采用激光隐窝闭合术等治疗方法。日常保持口腔卫生、定期清洁舌苔有助于减少结石形成，避免频繁用手指或硬物刺激扁桃体区域。