扁桃体结石存在自然脱落的可能性，但能否脱落主要取决于结石的大小和位置。较小的结石可能通过咳嗽、吞咽等日常动作自然排出，而较大的结石通常需要借助外部方法处理。
扁桃体结石的形成与食物残渣、细菌以及脱落上皮细胞在扁桃体隐窝的堆积有关。体积较小的结石可能因扁桃体隐窝的收缩或外界刺激被排出体外，例如剧烈咳嗽或频繁吞咽动作可能加速其脱落。对于无法自然脱落的较大结石，可通过淡盐水漱口、使用冲牙器轻柔冲洗扁桃体区域来辅助清除。若结石深在或引发明显异物感，建议到耳鼻喉科就诊，医生可能使用专用器械进行清理，严重反复发作的病例可考虑扁桃体切除术。
日常生活中建议保持口腔清洁，餐后及时漱口，避免食物残渣滞留。定期进行口腔检查有助于早期发现扁桃体结石。若伴有持续口臭、咽喉疼痛或吞咽不适等症状，应及时接受专业诊疗，避免自行用棉签等工具强行剔除，以免造成黏膜损伤或继发感染。