扁桃体结石可能会反复发作，具体与个人体质、生活习惯以及扁桃体结构等因素有关。若患者存在慢性炎症或隐窝较深，则复发的概率较高。
扁桃体结石的形成多与扁桃体隐窝内脱落上皮、食物残渣及细菌沉积有关。若患者存在慢性扁桃体炎，隐窝内持续存在炎症反应，分泌物和坏死组织容易堆积矿化，导致结石反复生成。此外，部分人群扁桃体隐窝较深且狭窄，容易滞留异物，即使清理后仍可能因日常饮食或口腔清洁不彻底再次形成结石。长期吸烟、口腔卫生不良或患有鼻窦炎等疾病时，口腔内细菌滋生增多，也会增加复发风险。
日常建议保持口腔清洁，饭后漱口，避免食物残渣残留。慢性扁桃体炎患者可遵医嘱使用复方氯己定含漱液等减少细菌滋生。若结石频繁复发或伴随明显口臭、吞咽不适等症状，需就医评估是否需进行扁桃体肥大手术等治疗。平时应戒烟限酒，定期进行口腔检查。