白芸豆作为普通食材长期适量食用一般不会产生明显副作用，但若过量或长期大剂量服用白芸豆提取物保健品则可能存在风险。其安全性需根据食用形式及摄入量综合判断。
白芸豆本身含有膳食纤维、植物蛋白等成分，日常烹饪后少量食用可促进肠道蠕动，帮助改善消化功能。但过量摄入可能因膳食纤维过多引起腹胀、腹泻等胃肠不适。而市售的白芸豆提取物保健品多含有α-淀粉酶抑制剂成分，长期服用可能干扰胰腺功能，部分人群可能出现肝功能指标异常或影响脂溶性维生素吸收。
若因控制体重等需求服用相关保健品，建议单次使用不超过6个月，且每日摄入量不超过推荐值。食用期间如出现食欲减退、皮肤黄染等异常表现，需立即停用并就诊。日常饮食中建议每周食用白芸豆不超过3次，每次控制在50克以内，并注意充分烹煮破坏凝集素等抗营养因子。