巴旦木一般可以生吃，但需注意卫生安全和适量食用。市面上常见的巴旦木多为经过高温烘烤或炒制处理后的成品，其口感更佳且安全性较高。
巴旦木属于扁桃的种仁，新鲜未经处理的巴旦木可能存在细菌污染或残留农药的风险。若直接生食未经加工的巴旦木，可能会因微生物超标导致腹痛、腹泻等消化道症状。此外，部分人群对生坚果中的蛋白酶抑制剂较为敏感，可能引发过敏反应。对于经过清洗、杀菌处理的生巴旦木仁，在确保品质的前提下可少量食用，但仍需注意观察食用后的身体反应。
建议优先选择正规渠道购买的经过高温灭菌处理的巴旦木产品。若食用后出现口腔麻木、恶心等异常症状，应立即停止进食并漱口。储存时应密封避光保存，避免受潮霉变产生黄曲霉毒素。婴幼儿及消化功能较弱者应谨慎食用生坚果，必要时可将其研磨成粉加入辅食。