安全期避孕失败率偏高可能与排卵不规律、计算误差以及精子存活时间较长等因素有关。该方法依赖于准确预测排卵期，但实际应用中存在多种不确定性。
1、排卵不规律
女性月经周期易受情绪波动、作息紊乱、疾病或药物（如抗生素、激素类药物）等因素影响。例如精神压力过大会抑制下丘脑功能，导致促性腺激素分泌异常，可能使排卵提前或延后5-7天，造成安全期计算偏差。
2、计算误差
单纯采用日历法推算安全期时，若未结合基础体温测量或宫颈黏液观察，误判风险较高。部分女性将月经周期简单默认为28天，但实际调查显示仅有15%的女性真正符合标准周期，且排卵日在周期第14天的假设仅在理想状态下成立。
3、精子存活时间
精子在女性生殖道内最长可存活5天，若在预估安全期末端发生性行为，即便距离理论排卵日有3天间隔，仍存在精子与延迟排出的卵子结合的可能性。临床数据显示，正确使用安全期避孕法的妊娠率仍达3%-5%，而实际使用中因操作不当失败率可高达20%-25%。
采用安全期避孕需每日监测基础体温及宫颈黏液变化，并持续记录6个月以上周期。建议有严格避孕需求者选择复方口服避孕药、宫内节育系统等高效避孕方式，必要时可配合避孕套双重防护。若月经延迟超过1周应及时进行早孕检测。