安宫牛黄丸长期服用可能存在一定的副作用，通常不建议自行长期使用。该药属于急救类药物，应在医生指导下短期使用，避免擅自延长用药时间。
安宫牛黄丸含有朱砂、雄黄等成分，长期服用可能引起重金属蓄积中毒。朱砂中的硫化汞可能对肝脏、肾脏造成损害，而雄黄中的砷元素过量摄入可能导致神经系统和消化系统损伤。此外，药物中的牛黄、麝香等成分药性峻烈，长期使用可能引发腹痛、腹泻等胃肠不适反应，部分人群还可能出现皮疹、瘙痒等过敏症状。
使用安宫牛黄丸需严格遵循适应症，主要用于高热惊厥、中风昏迷等急症处理。若需重复用药，应间隔4小时以上且24小时内不超过2次。用药期间若出现任何异常反应，应立即停药并就诊。日常保存应避免高温潮湿环境，确保药物性状稳定。