艾叶熏蒸具有一定杀菌消毒的作用，但其效果可能因具体情况而异。现代研究表明，艾叶中含有的挥发油等成分对部分细菌和病毒有抑制作用，但实际应用时需考虑浓度、作用时间等因素。
艾叶中的桉叶素、樟脑等成分在体外实验中显示出一定的抗菌活性，能够抑制金黄色葡萄球菌、大肠杆菌等常见致病菌的生长。但熏蒸过程中有效成分的释放浓度受燃烧方式、空间密闭性影响较大，在开放环境中难以维持足够的杀菌浓度。与75%医用酒精、含氯消毒剂等现代消毒方式相比，艾叶熏蒸的杀菌谱较窄且作用时间较长，不适合用于医疗器械等需要高效消毒的场景。
日常家居环境消毒建议优先选用经过验证的消毒剂，如84消毒液、75%酒精等。若使用艾叶熏蒸，可作为辅助净化空气的手段，但不宜完全依赖其进行灭菌处理。进行中药熏蒸时需保持适度通风，避免烟雾浓度过高引发呼吸道不适。对于特殊场所或疫情防护需求，应遵循疾控部门指导的规范消毒方案。