艾草熏房间具有一定的抑菌作用，但实际消毒效果有限。现有研究显示艾草燃烧产生的挥发油中含桉叶素、樟脑等成分，在实验室条件下对部分细菌、真菌存在抑制效果，但这些成分在普通房间熏蒸时的实际浓度通常难以达到有效灭菌水平。
艾草熏蒸产生的烟雾中含有多种挥发性有机物，可能对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌等常见致病菌产生一定抑制作用。但这种抑菌作用具有空间局限性，难以均匀覆盖整个房间，且在空气流通环境下会快速稀释。与传统消毒方式相比，艾草熏蒸不具备持续杀菌能力，不能有效杀灭芽孢等顽固病原体。
使用艾草熏房间时需注意安全通风，避免烟雾浓度过高引发呼吸道刺激。对于结核分枝杆菌、新型冠状病毒等强致病微生物的消杀，仍需采用医用级消毒剂或紫外线消毒等专业方式。特殊人群如哮喘患者、孕妇应避免接触艾草燃烧产生的烟雾。日常家居消毒建议优先选用75%酒精、含氯消毒剂等经认证的消毒产品。