阿莫西林作为广谱抗生素，可能会导致肠道菌群失调。抗生素在杀灭致病菌的同时，也可能影响肠道内正常菌群的平衡，引发腹泻、腹胀等消化道症状。
阿莫西林主要通过抑制细菌细胞壁合成发挥杀菌作用，对大肠埃希菌、链球菌等多种革兰阳性菌和阴性菌均有抗菌活性。由于肠道内存在大量共生菌群，这些有益菌可能在药物作用下数量减少，导致条件致病菌如艰难梭菌过度生长。部分患者用药后可能出现大便次数增多、粪便性状改变等临床表现，严重时可发展为抗生素相关性腹泻。
在使用阿莫西林期间或结束后，可在医生指导下适当补充双歧杆菌三联活菌散、地衣芽孢杆菌活菌胶囊等微生态制剂。需注意益生菌与抗生素需间隔2小时以上服用，避免药物相互作用影响疗效。若出现持续性腹痛、血便等严重症状，应立即停药并及时就医。