HPV疫苗通常不能治疗现有的HPV感染。该疫苗的主要作用在于预防特定亚型HPV的感染，而非针对已存在的病毒感染进行治疗。
对于已感染HPV的情况，疫苗虽无法清除病毒，但仍可预防其他未感染亚型。例如，若已感染HPV16，接种九价疫苗仍可预防HPV18等其他亚型感染。未感染者接种疫苗后，可有效建立针对疫苗所含亚型的免疫保护，预防率可达90%以上。
现有HPV感染的治疗需根据感染状态制定方案。单纯病毒携带者可通过增强免疫力实现自体清除，如规律作息、均衡饮食等。持续性感染引发宫颈病变时，可采用干扰素栓、保妇康栓等药物进行局部治疗，或通过激光、冷冻等物理疗法消除病灶。合并尖锐湿疣者需采用光动力疗法或手术切除。所有感染者均需定期进行TCT和HPV联合筛查，监测病情进展。
建议HPV感染者每6-12个月进行妇科检查，即使完成疫苗接种仍需保持规律筛查。治疗期间应避免性接触，严格遵医嘱用药，不可擅自停用或更换药物。对于持续感染超过2年或出现细胞学异常者，应及时进行阴道镜活检明确病变程度。