长期适量食用牡蛎一般不会产生明显副作用，但过量或特殊体质人群可能存在一定风险。其安全性主要取决于摄入量、个人健康状况以及食材来源。
牡蛎作为高蛋白食物，过量食用可能加重肝肾代谢负担，尤其是肝肾功能异常者。部分人群可能对其中的蛋白质或锌元素过敏，出现皮疹、腹泻等过敏反应。作为滤食性贝类，若生长水域受污染，牡蛎可能蓄积重金属等有害物质，长期大量摄入可能影响神经系统。此外，牡蛎中嘌呤含量较高，痛风患者需注意食用量。
建议日常食用前充分加热以灭活致病菌，单次摄入量控制在3-5只为宜。选择有正规养殖资质的产品，避免生食野生牡蛎。特殊人群如孕妇、免疫缺陷者及正在服用免疫抑制剂的患者，应在医生指导下合理食用。若食用后出现恶心、呕吐或皮肤瘙痒等症状，应及时就医排查原因。