生殖器疱疹自愈后通常不会完全清除病毒，病毒可能长期潜伏在体内。单纯疱疹病毒2型感染后，即使皮损消退，病毒仍会隐匿于骶神经节，处于休眠状态。
病毒潜伏是生殖器疱疹的重要特征。当人体免疫力正常时，病毒通常不会引发症状，但可能通过神经轴突运输至皮肤表面，导致无症状排毒现象。此时虽然没有皮损表现，但仍具有传染性。部分患者在免疫力下降时会出现复发，表现为局部簇集性水疱、疼痛或灼热感，复发频率因人而异。
日常生活中应避免过度疲劳、精神压力等诱发因素。出现复发症状时需及时使用抗病毒药物治疗，如阿昔洛韦乳膏、泛昔洛韦片等。建议患者在医生指导下规范治疗，同时采取安全性行为措施，降低病毒传播风险。