单纯性肾囊肿是否影响肾功能需要根据具体情况判断。大多数情况下体积较小的肾囊肿不会影响肾功能，但当囊肿增大或引发并发症时可能造成一定损害。
肾囊肿对肾功能的影响主要与囊肿体积、数量及是否合并其他病变有关。体积较小且生长缓慢的单纯性肾囊肿通常不会压迫肾实质，肾功能指标如肌酐、尿素氮等可长期保持正常范围。当囊肿直径超过5厘米时，可能挤压周围正常肾组织，导致局部肾小球滤过率下降，但整体肾功能受损程度较轻。若囊肿合并感染、出血或破裂，可能引起急性肾损伤，此时血肌酐可能出现一过性升高。
若为多囊肾病引起的肾囊肿，随着病程进展，囊肿逐渐增多增大，正常肾单位被大量破坏，最终可能发展为慢性肾功能不全。这类患者需要定期监测肾小球滤过率、尿蛋白等指标。日常应注意避免剧烈运动防止囊肿破裂，控制血压在130/80mmHg以下，限制高蛋白饮食每天每公斤体重摄入0.6-0.8克蛋白质。建议每6-12个月复查肾脏超声，出现腰痛加剧、血尿或尿量改变时应及时就诊。