沙棘作为药食同源的植物，长期服用可能存在一定的副作用风险，具体与摄入量和个人体质有关。其安全性通常较高，但需注意合理使用。
沙棘含有丰富的有机酸和维生素C，长期过量摄入可能刺激胃黏膜，导致胃酸分泌过多，引发反酸、胃痛等消化道不适症状。对于本身存在胃炎或胃溃疡的患者，可能加重病情。
部分人群可能对沙棘中的活性成分存在过敏反应，长期接触可能增加致敏风险。典型症状包括皮肤瘙痒、红斑或呼吸道不适。若首次服用后出现异常反应，应立即停用并就医。储存过程中若发生霉变会产生有毒物质，需注意产品保存状态。
沙棘中的黄酮类化合物可能影响凝血功能，长期服用需警惕与抗凝药物的相互作用。建议服用华法林钠等药物的患者使用前咨询医生。孕妇及哺乳期妇女因相关研究数据不足，建议在医师指导下使用。日常服用应注意观察身体反应，出现异常及时调整。