剖宫产新生儿通常不会有严重后遗症，但部分可能出现短期并发症。多数情况下这些症状会逐渐缓解，一般不会对远期健康造成影响，但具体需结合个体情况综合判断。
剖宫产新生儿由于未经过产道挤压，呼吸道内的羊水排出可能延迟，导致短暂性呼吸急促或湿肺症状，这类情况多通过吸氧等处理可改善。研究显示剖宫产婴儿肠道菌群建立可能延迟，1-2岁时过敏性疾病发生率较顺产儿高20%-30%，但随着免疫系统发育，差异会逐渐缩小。极少数情况下，手术操作可能造成皮肤浅表划伤，但通常不会引起严重损伤。
建议孕妇在医生指导下选择适合的分娩方式，术后注意观察新生儿呼吸、喂养及皮肤状况。若出现持续呼吸困难、皮肤瘀斑扩大或异常哭闹等情况，需及时告知医护人员评估处理。遵医嘱进行新生儿抚触、母乳喂养等措施，有助于促进婴儿健康发育。