疱疹性咽峡炎一般不需要使用抗生素治疗，但若合并细菌感染则需遵医嘱用药。该病主要由病毒感染引起，而抗生素对病毒无效。
疱疹性咽峡炎的病原体以柯萨奇病毒等肠道病毒为主，这类病毒性感染具有自限性，通常1周左右可自行缓解。抗生素仅针对细菌感染有效，盲目使用可能破坏正常菌群并增加耐药风险。若病情持续加重，出现高热不退、咽部脓性分泌物或血常规提示细菌感染时，医生可能会根据具体情况开具阿莫西林颗粒、头孢克肟片或阿奇霉素干混悬剂等抗生素。
患病期间应保持口腔清洁，选择温凉流质饮食。若患儿出现精神萎靡、持续高热或脱水症状，需及时到儿科就诊。所有药物均应在医生指导下规范使用，避免自行服用抗生素。