内裤清洗不当一般不会直接引起生殖器畸形，但可能增加生殖器感染的风险。生殖器畸形多为先天性发育异常或遗传因素导致，而感染的发生通常与局部卫生条件差有关。
内裤清洗不当时，残留的汗液、分泌物或细菌容易滋生，可能诱发外阴炎、尿道炎等感染性疾病。尤其是女性因生理结构特点，更易因病原体滋生引发阴道炎等妇科炎症。长期反复感染可能影响局部组织健康，但尚未有明确证据表明会导致生殖器结构畸形。
生殖器畸形的形成主要与胚胎发育异常、染色体异常、激素水平异常等因素相关。例如男性尿道下裂、女性先天性无阴道等疾病，通常在胚胎发育第8-12周期间因基因突变或环境因素干扰导致。后天因素中，严重外伤、放射性损伤等可能影响器官结构，但与日常清洁卫生无直接关联。
建议每日更换纯棉透气的内裤，单独手洗后充分晾晒，避免与其他衣物混洗。若出现外阴瘙痒、异常分泌物等感染症状，应及时到正规医院妇科或泌尿外科就诊，通过分泌物检测等检查明确病原体类型，遵医嘱进行针对性治疗。