纳豆长期适量食用通常不会对健康人群造成严重副作用，但需注意特殊人群可能存在的风险。其成分及特性可能导致少数情况下的不良反应，建议根据自身情况合理调整摄入量。
纳豆含有丰富的维生素K2，可能影响抗凝血药物华法林的疗效。正在服用此类药物的患者若大量食用，可能干扰药物代谢，导致凝血功能异常。对大豆或纳豆激酶过敏的人群可能出现皮肤瘙痒、红肿等过敏反应，严重时可能引发呼吸道症状。部分人群过量食用可能因纳豆中膳食纤维和纳豆激酶含量较高，出现腹胀、腹泻等消化道不适症状，尤其是胃肠功能较弱者更需注意控制摄入量。
建议日常食用纳豆时注意观察身体反应，单日摄入量以30-50克为宜。正在接受抗凝治疗或存在过敏体质者，应提前咨询医师或营养师。若食用后出现皮疹、恶心、排便异常等症状，需立即停止摄入并及时就诊。合理搭配膳食结构，避免将纳豆作为单一食物长期大量食用。