纳豆通常可以在早餐或晚餐食用，具体时间可根据个人需求和饮食习惯调整。作为发酵豆制品，其营养成分和健康益处不受时间限制，但不同时段食用可能带来不同效果。
早餐食用纳豆有助于补充优质蛋白质、维生素K2等营养素，为一天活动提供能量。其含有的纳豆激酶可能促进晨间血液循环，但需注意部分人群早晨肠胃较敏感，可能需搭配米饭等主食减轻发酵食品的刺激。晚餐食用时，大豆蛋白中的色氨酸有助于睡眠调节，但需控制摄入量，避免过量蛋白质增加消化负担。
特殊人群需注意食用时间，如服用华法林钠等抗凝药物者，因纳豆富含维生素K可能影响药效，建议固定时段食用并与用药时间间隔4小时以上。存在痛风或肾功能异常者，建议在医生指导下控制摄入量。日常可将纳豆与富含维生素C的蔬菜搭配，促进铁吸收，同时避免与生鸡蛋同食以防生物素缺乏。