纳豆通常可以改善肠道菌群，但其效果因人而异。纳豆含有枯草芽孢杆菌、膳食纤维等成分，可能通过调节肠道环境发挥一定作用。
纳豆中含有的枯草芽孢杆菌属于益生菌的一种，这类菌群进入肠道后可与原有菌群形成共生关系，帮助抑制有害菌的过度繁殖。其代谢产物还能促进短链脂肪酸的合成，这类物质是肠道细胞的重要能量来源。纳豆中的水溶性膳食纤维可增加肠道内容物体积，刺激肠道蠕动，同时作为益生元为有益菌提供生长所需的营养基质。纳豆激酶等活性成分可能通过改善肠道血液循环，间接优化菌群生存环境。
日常适量食用纳豆对多数人群的肠道健康有益，建议每日摄入量控制在30-50克。对于存在严重肠道菌群失调或消化系统疾病者，需在医师指导下结合药物治疗。食用纳豆时应注意选择正规渠道产品，开封后需冷藏保存避免污染。若出现腹胀、腹泻等不适症状应及时停用并就诊。