那曲虫草作为冬虫夏草的一种，正确使用下通常安全性较好，但若食用不当或体质特殊可能存在副作用风险。其安全性受个人体质、摄入量等因素影响，建议在医生指导下使用。
部分人群食用那曲虫草后可能出现过敏反应，表现为皮肤瘙痒、红疹等症状，严重时可引发呼吸困难。这主要与虫草中含有的蛋白类成分刺激免疫系统有关。长期过量服用可能加重肝肾代谢负担，出现食欲减退、尿量异常等表现，每日摄入量建议不超过3克。与免疫抑制剂、抗凝药物联用时可能影响药效，如环孢素、华法林等药物需特别注意间隔服用时间。
食用那曲虫草前建议进行过敏测试，取微量虫草粉末涂抹于前臂皮肤，观察24小时无异常再服用。储存时需保持干燥密封，避免霉变产生毒素。特殊人群如孕妇、自身免疫疾病患者、术后恢复期患者应咨询中医师。若出现头晕、恶心等不适症状，应立即停用并及时就诊。