儿童反复头疼需要排除的先天性疾病主要包括先天性脑血管畸形、脑积水、神经皮肤综合征、代谢性疾病以及颅缝早闭等。建议家长及时带孩子就医，通过相关检查明确病因。
1、先天性脑血管畸形
常见的如动静脉畸形、动脉瘤等，由于血管结构异常可能引起脑出血或局部缺血，导致反复头疼，常伴随癫痫发作或突发剧烈头痛。可通过磁共振血管成像（MRA）或数字减影血管造影（DSA）确诊。
2、脑积水
先天中脑导水管狭窄或第四脑室出口阻塞导致脑脊液循环障碍，引起颅内压增高，表现为晨起头痛、呕吐、视乳头水肿。颅脑CT或MRI检查可见脑室扩张。
3、神经皮肤综合征
如神经纤维瘤病Ⅰ型或结节性硬化症，此类疾病伴随皮肤咖啡斑、神经纤维瘤或面部血管纤维瘤，中枢神经系统受累时可出现头痛，需结合皮肤表现和基因检测诊断。
4、代谢性疾病
如线粒体脑肌病、苯丙酮尿症等，因能量代谢障碍导致脑细胞功能异常，除头痛外还可出现发育迟缓、肌张力异常，需通过血尿代谢筛查及基因检测明确。
5、颅缝早闭
颅骨骨缝过早闭合限制脑发育，导致颅高压性头痛，伴头围异常或颅骨畸形，三维CT重建可清晰显示骨缝闭合情况。
若儿童反复头痛持续两周以上，或伴随呕吐、视力改变、步态异常等症状，建议尽早就诊小儿神经科，完善头颅影像学、脑电图、代谢筛查等检查。明确病因后需针对原发病治疗，如脑血管畸形介入手术、脑积水分流术或代谢性疾病饮食调控等。