半飞秒和全飞秒手术的安全性均较高，但两者的适应人群和术后风险存在一定差异，需根据个体眼部条件选择。整体而言，全飞秒因无需制作角膜瓣，术后角膜结构稳定性更好，尤其适合运动爱好者；而半飞秒适应症更广，对部分角膜较薄患者可能更友好。
全飞秒手术全程使用飞秒激光完成，不制作角膜瓣，仅通过2-4mm微小切口取出透镜。这种术式避免了角膜瓣相关并发症风险，如外伤导致的瓣移位、皱褶等，术后角膜生物力学强度保留更优。但该术式对角膜厚度要求较高，且无法进行个性化切削设计。半飞秒手术需先制作角膜瓣再行准分子激光切削，存在角膜瓣相关风险，术后需注意避免眼部撞击。其优势在于可开展波前像差引导等个性化切削，矫正散光效果更精准，且适合角膜厚度临界值患者。
术后感染风险两者无明显统计学差异，均低于0.1%。建议术前进行全面的角膜地形图、像差分析、泪膜功能等20余项检查，由专业医师根据角膜厚度、曲率、瞳孔直径等参数评估最适合的术式。术后需遵医嘱使用抗生素滴眼液，定期复查角膜愈合情况。