肠球菌是否属于有益菌不能一概而论，需结合具体菌种及存在环境判断。多数情况下，肠球菌属于条件致病菌，可能对人体无害甚至有益，但在特定条件下也可能引发感染。
1、正常菌群
肠球菌属中的部分菌种如粪肠球菌、屎肠球菌等，通常寄生于人体肠道、生殖道等部位，属于正常菌群的一部分。这类肠球菌可通过分解食物残渣、抑制致病菌过度增殖等方式维持微生态平衡，此时可视为有益菌。
2、机会致病菌
当人体免疫力下降或肠道屏障受损时，肠球菌可能移位至血液、泌尿系统等部位引发感染。例如肠球菌性尿路感染、菌血症等疾病，多与导尿管使用、术后感染等因素相关，此时肠球菌表现为致病菌。
3、耐药性问题
部分肠球菌对万古霉素等抗生素存在耐药性，如耐万古霉素肠球菌（VRE）。这类菌株引起的感染治疗难度较大，需根据药敏结果选择替考拉宁、利奈唑胺等药物，并严格遵循无菌操作预防传播。
日常应避免滥用抗生素，以维持肠道菌群平衡。若出现发热、尿频等疑似感染症状，建议及时就医进行细菌培养及药敏试验，针对性选择治疗方案。