发芽的大蒜头一般可以食用，但需注意是否发生变质。大蒜发芽属于正常现象，发芽过程中不会产生有毒物质，但营养成分和口感可能发生一定变化。
大蒜在发芽过程中部分营养成分会逐渐流失，例如维生素C含量可能降低。同时蒜瓣本身可能出现萎缩、质地变软的情况。但发芽大蒜中的抗氧化物质如蒜氨酸、多酚类成分可能有所增加，因此仍具有一定的食用价值。若大蒜发芽后出现霉斑、发黑、腐烂或产生明显异味，则可能滋生黄曲霉等有害微生物，此时不可继续食用。
日常储存大蒜时应尽量保持环境干燥通风，避免潮湿环境加速发芽或霉变。已经发芽的大蒜建议尽快食用，并注意观察蒜瓣状态。对于消化功能较弱的人群，可将大蒜充分加热后再食用以减少刺激性。若误食变质发芽大蒜后出现腹痛、腹泻等不适症状，应及时就医处理。
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