水苏糖作为常见的益生元，一般耐受性较好，但部分人群可能会在摄入后出现轻微副作用。其安全性通常与摄入量及个人体质有关，合理使用的情况下通常不会引起严重不良反应。
水苏糖可能会刺激肠道菌群的活动，导致产气增加。敏感人群可能出现腹胀、肠鸣等不适，尤其是在初次使用或摄入量较大时。这种情况通常随着身体适应而逐渐缓解。部分人可能因肠道渗透压变化引发腹泻，特别是存在乳糖不耐受或果糖吸收障碍的个体。此外，极少数过敏体质者可能对豆类来源的水苏糖产生过敏反应，表现为皮肤瘙痒或消化道症状。
对于正在接受肠道疾病治疗或免疫功能异常的人群，使用前应咨询医生。建议从较小剂量开始补充，观察身体反应后再逐步调整摄入量。日常食用含有水苏糖的保健食品时，需注意查看产品说明中的每日建议摄入量。