木棉花果通常不建议直接食用。木棉的果实成熟后内部含有大量棉絮状纤维，主要用于纺织填充物，而非食物来源。其果壳和种子可能含有一定生物碱或其他不易消化的成分，误食可能导致口腔刺激、肠胃不适或消化不良。
木棉花果的纤维结构粗糙，人体消化系统难以分解吸收，大量摄入可能引起腹胀、腹痛等症状。部分人群可能对植物中的天然成分敏感，误食后存在过敏反应风险，如皮肤瘙痒、皮疹等。若不小心误食且出现不适症状，建议及时就医检查处理。
日常生活中应避免将木棉花果作为食物使用，尤其需注意儿童误食情况。如因药用目的需使用木棉花相关部位，应在中医师指导下规范使用经过炮制的药材。存放木棉花果时应与食品分开，做好明确标识以防误拿误食。